Historie kliniky je úzce spjata s vývojem pediatrie v českých zemích a založením Dětské nemocnice v Praze. Poválečné ustavení II. ortopedické kliniky UK v roce 1945 v prostorách bývalé Dětské nemocnice resp. dětské chirurgické kliniky s ortopedickým zaměřením spadajícím pod německou universitu, zahajuje činnost samostatné ortopedické kliniky se 109 lůžky, 2 odděleními pro děti a 2 pro dospělé pod vedením prof. Hněvkovského. Vznikem fakulty dětského lékařství UK se v roce 1954 klinika stává výukovou základnou ortopedie jak pro studenty fakulty všeobecného lékařství, tak pro pediatry. Postupně je však trvale přičleněna k fakultě dětského lékařství /nyní 2. LF UK/.
Po přestěhování většiny ústavů a klinik této fakulty do Motola zůstává dlouho detašovaným pracovištěm, a to již v ne zcela vyhovujících prostorách. Přesto je na pracovišti již v 70. letech, v období vedení kliniky prof. Popelkou, zahájena operativa kloubních náhrad, náhrada kolenního kloubu totální endoprotézou v roce 1978 dokonce jako první v republice. Roku 1983 konečně dochází ke stěhování do Motola, přičemž dospělá oddělení jsou dočasně zcela zrušena. Prof. Popelku ve funkci střídá prof. Kubát, je zaváděna progresivní operativa - skolióz, vrozených a systémových vad, prodlužování končetin, dětské traumatologie.
Znovuotevření části pro dospělé nastává v roce 1984, opět na Karlově nám. č. p. 1. Klinika následně v září 1984 pořádá 1. ortopedický kongres ve své historii. Politické změny konce roku 1989 přivádějí na místo přednosty kliniky doc. Smetanu, který obohacuje léčebnou činnost především o rozvoj operativy dětí postižených DMO. V roce 1995 přichází stěhování dospělé částí do provizoria dětského lůžkového monobloku v Motole a až do roku 1998 dospělá část kliniky čeká na přemístění do tzv. "Modrého pavilonu" - motolské lůžkové části pro dospělé.
Od akademického roku 1999/2000 vedl kliniku prof. Tomáš Trč. Za jeho působení došlo k výraznému rozvoji artroskopické operační techniky ošetření velkých kloubů a etablování kliniky v této oblasti jako vedoucího pracoviště v rámci celé ČR. Členové kliniky se podíleli na vzniku Společnosti pro sportovní traumatologii a artroskopii včetně jejího předsednictví. Dále se členové kliniky účastní plné výuky v rámci 2.LF UK.
V říjnu 2021 nahradil prof. Tomáše Trče ve funkci přednosty prof. Vojtěch Havlas.
